水生大型植物能抑制浮游植物的生長，從而降低藻類的現存量。在水生態環境中，水生高等植物對藻類的抑制作用較為明顯。主要表現在兩個方面：一是藻類數量急劇下降；二是藻類群落結構改變。水生植物與藻類在營養、光照、生存空間等方面存在競爭。除人工控制和低溫等條件下，一般是水生植物生長占優勢。
水生植物與藻類之間的相生相克（異株克生現象）作用在污水凈化和水體生態優化方面有重要應用潛力。顧林娣等[31]發現苦草能分泌生化抑制物質，且抑制作用的大小和種植水濃度呈正相關。在淺水湖泊中種植苦草等高等植物，放養適量的魚類，這樣就既可以保護水質，又可以發展漁業生產，增加經濟效益。不僅如此，野外實驗和實驗室研究還表明，鳳眼蓮等水生植物還通過根系向水中分泌一系列有機化學物質。這些物質在水中含量極微的情況下即可影響藻類的形態、生理生化過程和生長繁殖，使藻類數量明顯減少。有害植物常覆蓋濕地和其他淡水環境，造成物種單一。這種香蒲侵入的一個重要機制就是向周圍環境中釋放相生相克物質——植物毒素。利用植物分泌物和植物周圍的微生物與藻類間的相生相克關系，來去除藻類。這對于富營養化水體污染的防治和治理，水生態系的恢復和重建很有意義。
1.5 水生植物的其他凈水（改善水質）功能
水生植物在不同的營養級水平上存在維持水體清潔和自身優勢穩定狀態的機制：水生植物有過量吸收營養物質的特性，可降低水體營養水平；減少因為攝食底棲生物的魚類所引起沉積物重懸浮，降低濁度。水生植物的改善水質的功能，如穩定底泥、抑藻抑菌等，也具有重要的實踐意義。氧氣是一種非常重要的物質。水體富營養化引起的藻類水華造成水體透明度降低，飲用水質量下降。組織缺氧使大型植物退化，減少了水生植物多樣性。海洋底層大陸架的缺氧，使海底生物大量死亡，給當地經濟和人類生存帶來了嚴重的威脅。沉水植物與沉積物、水體流動間有緊密聯系。在生態系統中，它能起到提高水質，穩定底泥，減小渾濁的作用
