花卉在播種育苗前需對營養土進行消毒，通過消毒可抑制病菌發生，消滅土壤害蟲，確保幼苗在生長發育過程中健壯成長。

完全消毒法 所有的營養土全部消毒。將甲醛、氯化苦等藥劑加入到土壤里密閉熏蒸，不但能殺死土壤里的病菌，還能殺死土壤里的線蟲、草籽等，但同時也殺滅了土壤里的有益微生物，應在土傳病蟲害特別嚴重時采用該方法。

鋪蓋藥土法 在花卉播種前將覆土和金雷多米爾混合均勻，用量為每平方米營養土加金雷多米爾 5至 7克。然后將三分之一的藥土鋪到苗床上，剩余的三分之二藥土均勻覆蓋到種子上。對花卉幼苗期常見的立枯病、猝倒病等有較好的防治效果。

福爾馬林消毒法 每1000公斤營養土，用40％的福爾馬林 250克，兌水 60公斤噴灑攪拌均勻后堆放，用塑料薄膜覆蓋24小時，揭開薄膜10至15天即可播種。此法適用于小粒花卉種子的播種。

多菌靈消毒法 每平方米苗床用50％的多菌靈8至10克與適量細土混勻。取其中的三分之二撒于床面做墊土，另外三分之一于播種后混入覆土中。此法能夠迅速殺滅土壤中的病原微生物，促進花卉種子發芽，提高整齊度。

敵克松消毒法 用70％的敵克松藥粉0.5公斤拌細土20公斤，混勻后撒在營養土表面，播種后按種子直徑的大小覆土。此法防治花卉苗期猝倒病效果顯著。
瑞毒霉消毒法用25％的瑞毒霉50克兌水50公斤，混勻后噴灑營養土1000公斤，邊噴灑邊攪拌均勻，堆積1小時后攤在苗床上即可播種。此法適用于防治花卉炭疽病、立枯病、猝倒病。

波爾多液消毒法 每平方米營養土用等量式（硫酸銅∶石灰∶水的比例為 1∶1∶100）波爾多液2.5公斤，加賽力散10克噴灑土壤，待土壤稍干即可播種扦插。對防治花卉黑斑病、銹病、褐斑病、炭疽病效果明顯。

代森銨消毒法 代森銨殺菌力強，能滲入植物體內，在植物體內分解后還有一定肥效。用 50％水溶代森銨 350倍液，每平方米苗圃土壤澆灌 3公斤稀釋液，可防治花卉的黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病等多種病害。

五氯硝基苯消毒法 每平方米苗圃地用75％五氯硝基苯4克、代森鋅5克，混合后，再與12公斤細土拌勻。播種時下墊上蓋，防治花卉炭疽病、立枯病、猝倒病等有較好的效果。